Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da Universidade de Caxias do Sul: 12 anos de história
DOI:
https://doi.org/10.18226/25253824.v5.n9.02Palavras-chave:
núcleo de pesquisa, bioinformática, biologia computacionalResumo
A Bioinformática compõe um campo multidisciplinar que reúne pesquisadores das áreas de Ciências da Vida e de Ciência da Computação. Sua atuação na Universidade de Caxias do Sul (UCS) iniciou no ano de 2003 com pesquisas envolvendo a análise de wavelets em genomas. Desde então, foram fundados o Núcleo de Pesquisa (NP) em Bioinformática e o Laboratório de Biologia Computacional e Bioinformática (LBBC - Computational Biology and Bioinformatics Laboratory). Os principais objetivos do NP são consolidar as atividades na área de Bioinformática na UCS e disponibilizar aos pesquisadores ferramentas computacionais inovadoras para auxílio na pesquisa experimental. Atualmente atua em três linhas principais de pesquisa: análise de sequências promotoras bacterianas, montagem e anotação de genomas de fungos e desenvolvimento de softwares de integração. Para produção científica, o NP também conta com a interação entre pesquisadores nacionais e internacionais. A pesquisa desenvolvida pelo NP tem alta relevância em função do conhecimento que agrega à comunidade científica ao processar, adequadamente, grandes volumes de dados experimentais.
Referências
GREENE, C.S.; TAN, J.; UNG, M.; MOORE, J.H.; CHENGI, C. Big data bioinformatics. Journal of cellular physiology, v. 229, n. 12, p. 1896-1900, 2014.
DE AVILA E SILVA, S.; GERHARDT, G.J.L.; ECHEVERRIGARAY, S. Rules extraction from neural networks applied to the prediction and recognition of prokaryotic promoters. Genetics And Molecular Biology, [S.L.], v. 34, n. 2, p. 353-360, 2011a.
DE AVILA E SILVA, S.; ECHEVERRIGARAY, S.; GERHARDT, G. J.L. BacPP: bacterial promoter prediction⠴a tool for accurate sigma-factor specific assignment in enterobacteria. Journal Of Theoretical Biology, [S.L.], v. 287, p. 92-99, out. 2011b.
DE AVILA E SILVA, S.; FORTE, F.; SARTOR, I. T.; ANDRIGHETTI, T.; GERHARDT, G. J.; DELAMARE, A.P.L.; ECHEVERRIGARAY, S. Dna duplex stability as discriminative characteristic for Escherichia coli σ54 and σ28-dependent promoter sequences. Biologicals 42(1):22–28, 2014.
NOTARI, D.L.; MOLIN, A.; DAVANZO, V.; PICOLOTTO, D.; RIBEIRO, H.; DE AVILA E SILVA, S. IntergenicDB: a database for intergenic sequences. Bioinformation, [S.L.], v. 10, n. 6, p. 381-383, 30 jun. 2014.
DE AVILA E SILVA, S.; NOTARI, D.L.; NEIS, F.A.; RIBEIRO, H.G.; ECHEVERRIGARAY, S. BacPP: a web-based tool for gram-negative bacterial promoter prediction. Genetics And Molecular Research, [S.L.], v. 15, n. 2, 2016.
DALL'ALBA, G.; CASA, P.L.; NOTARI, D.L.; ADAMI, A.G.; ECHEVERRIGARAY, Sergio; DE AVILA E SILVA, S. Analysis of the nucleotide content of Escherichia coli promoter sequences related to the alternative sigma factors. Journal Of Molecular Recognition, [S.L.], v. 32, n. 5, p. e2770, 2018a.
COELHO, R.V.; DALL'ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S.; ECHEVERRIGARAY, S.; DELAMARE, A.P.L. Toward Algorithms for Automation of Postgenomic Data Analyses: bacillus subtilis promoter prediction with artificial neural network. Omics: A Journal of Integrative Biology, [S.L.], v. 24, n. 5, p. 300-309, 1 maio 2020.
MARIANI, M.A.; MARTINOTTO, A.L.; GERHARDT, G.J.L.; DE AVILA E SILVA, S. Utilização de GRIDs para processamento de Redes Neurais Artificiais. In: Encontro de Jovens Pesquisadores da UCS, XVII, 2009, Caxias do Sul. XVII Encontro de Jovens Pesquisadores, 2009.
FORTE, F.; DE AVILA E SILVA, S.; ECHEVERRIGARAY, S.; DELAMARE, A.P.L. Estabilidade como parâmetro de classificação de regiões promotoras de bactérias Gram-negativas. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XVIII, 2010, Caxias do Sul. XVIII Encontro de Jovens Pesquisadores. Caxias do Sul: EDUCS, 2010.
SARTOR, I.T.S.; ANDRIGHETTI, T.; GERHARDT, G.J.L.; ECHEVERRIGARAY, S.; DE AVILA E SILVA, S. Curvatura e maleabilidade como parâmetros de classificação de regiões promotoras em bactérias Gram-negativas. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XIX, 2011, Caxias do Sul. XIX Encontro de Jovens Pesquisadores, 2011.
ANDRIGHETTI, T.; PORTELA, P.; GERHARDT, G.J.L.; ECHEVERRIGARAY, S.; DELAMARE, A.P.L.; DE AVILA E SILVA, S. Prediction and recognition of promoters recognized by sigma factors related with environmental changes in E. coli. In: X-Meeting - International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012a.
ANDRIGHETTI, T.; DE AVILA E SILVA, S.; ECHEVERRIGARAY, S.; PORTELA, P.; Sartor, I. T. S.; GERHARDT, G.J.L.; DELAMARE, A.P.L. Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition. In: Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, XXXII, 2012, Curitiba. XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2012b.
ANDRIGHETTI, T.; PORTELA, P.; GERHARDT, G.J.L.; ECHEVERRIGARAY, S.; DELAMARE, A.P.L.; DE AVILA E SILVA, S. Reconhecimento e Predição de Promotores Bacterianos reconhecidos pelo fator sigma 24 de E. coli utilizando diferentes características da sequência. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XX, 2012, Caxias do Sul. XX Encontro de Jovens Pesquisadores, 2012c.
PORTELA, P.; ANDRIGHETTI, T.; GERHARDT, G.J.L. ; ECHEVERRIGARAY, S.; DE AVILA E SILVA, S.; DELAMARE, A.P.L. Curvatura e maleabilidade como parâmetros de predição e caracterização de regiões promotoras de bactérias Gram-Negativas reconhecidas pelo fator Sigma 32. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XX, 2012, Caxias do Sul. XX Encontro de Jovens Pesquisadores, 2012.
PAZ, J.; DE AVILA E SILVA, S.; Predição de promotores reconhecidos por fatores sigma alternativos de Escherichia coli. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXI, 2013, Caxias do Sul. XXI Encontro de Jovens Pesquisadores, 2013.
PORTELA, P.; PAZ, J.; ECHEVERRIGARAY, S.; DE AVILA E SILVA, S.; DELAMARE, A.P.L. Comparação de técnicas de análise in silico da curvatura de DNA no reconhecimento de promotores bacterianos. In: XXI Encontro de Jovens Pesquisadores, 2013, Caxias do Sul. XXI Encontro de Jovens Pesquisadores, 2013.
DALL'ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S. Uma análise in silico sobre a estabilidade de sequências promotoras de genes relacionados à resposta ao choque térmico em Escherichia coli. In: BIOMOTA - Workshop de Biologia Molecular Aplicada à Tecnologia Ambiental, III, 2015, Caxias do Sul. III BIOMOTA - Workshop de Biologia Molecular Aplicada à Tecnologia Ambiental, 2015a.
DALL'ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S. Composição de nucleotídeos e estabilidade do DNA em promotores reconhecidos pelo Sigma 70 de Escherichia coli. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXIII, 2015, Caxias do Sul. XXIII Encontro de Jovens Pesquisadores, 2015b.
DALL'ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S. Análise estrutural e funcional de sequências promotoras de E. coli reconhecidas pelo fator Sigma 54: uma abordagem in silico. In: Mostra Unisinos de Iniciação Científica e Tecnológica, XXII, 2015, São Leopoldo. XXII Mostra Unisinos de Iniciação Científica e Tecnológica. São Leopoldo: Casa Leiria, v. 1. p. 228-230, 2015c.
DALL' ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S. Análise in silico da composição de nucleotídeos de sequências promotoras de genes de resposta ao choque térmico em Escherichia coli. In: Salão de Iniciação Científica, XXVII, 2015, Porto Alegre. XXVII Salão de Iniciação Científica, 2015d.
MARTINEZ, G.S.; DE AVILA E SILVA, S. Implementação de valores de estabilidade do DNA como característica de classificação na ferramenta BACPP. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXIII, 2015. XXIII Encontro de Jovens Pesquisadores, 2015.
DALL'ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S. Promotores reconhecidos por fatores Sigma 28 e Sigma 38: uma caracterização in silico de sequências de Escherichia coli. 2016. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXIV, 2016, Caxias do Sul. XXIV Encontro de Jovens Pesquisadores, 2016.
CASA, P. L.; DALL'ALBA, G.; E SILVA, S. A. Análise da Composição de Nucleotídeos de Promotores de Escherichia coli Reconhecidos pelo Fator S54. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXV, 2017, Caxias do Sul. Anais do XXV Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2017.
BENVENUTI, J.L., DE AVILA E SILVA, S.. Predição de elementos regulatórios da expressão de genes de bactérias Gram-negativas: aprimoramento da ferramenta computacional BacPP. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXV, 2017, Caxias do Sul. Anais do XXV Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2017.
DALL'ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S. Uso da curvatura do DNA como parâmetro para classificação e predição de promotores bacterianos: uma abordagem via Redes Neurais Artificiais. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXV, 2017, Caxias do Sul. Anais do XXV Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2017.
CASA, P.L.; ABREU, F.P. ; E SILVA, S.A. Análise da curvatura e maleabilidade de sequências promotoras de Escherichia coli. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXVI, 2018, Caxias do Sul. Anais do XXVI Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2018.
DALL'ALBA, G.; DE AVILA E SILVA, S. Caracterização de sequências promotoras relacionadas ao Sigma 28 para aprimoramento da ferramenta BACPP. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXVI, 2018, Caxias do Sul. Anais do XXVI Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2018, 2018b.
HOFFMANN, G.V.; DE AVILA E SILVA, S. Aprimoramento e funcionalidades da ferramenta BACPP In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXVII, 2019, Caxias do Sul. Anais do XXVII Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2019.
CASA, P.L.; DE AVILA E SILVA, S. Curvature Pattern Analysis of Escherichia coli Promoter Sequences Regulated by Alternative Sigma Factors. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXVII, 2019, Caxias do Sul. Anais do XXVII Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2019.
DE AVILA E SILVA, S.; ECHEVERRIGARAY, S. Bacterial Promoter Features Description and Their Application on E. coli in silico Prediction and Recognition Approaches. In: Horacio Pérez-Sánchez. (Org.). Bioinformatics. 1ed. Rijeka: Intech, v. 1, p. 241-260, 2012.
DE AVILA E SILVA, S.; Redes Neurais aplicadas no reconhecimento de regiões promotoras em bactérias. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Caxias do Sul, 2011c.
KLAUCK, H.A.; Workflow científico para análise de elementos regulatórios utilizando o banco de dados IntergenicDB. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul, 2014.
COELHO, R.V. Redes Neurais Artificiais Aplicadas no Reconhecimento de Regiões Promotoras em Bactérias Gram-positivas. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Caxias do Sul, 2014.
MARTINEZ, G.S. Promoter sequence characterization through the analysis of enthalpy, entropy, stability and base-pair stacking values. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, Caxias do Sul, 2018.
ABREU, F.P.; MENIN, R.P. ; OLIVEIRA, N.S. ; LENZ, A.R.; DE AVILA E SILVA, S.; DILLON, A.J.P.; CAMASSOLA, M. Papel da regulação gênica na ação de enzimas lignocelulolíticas.. Revista Interdisciplinar de Ciência Aplicada OPEN JOU, v. 4, p. 43-46, 2019a.
NORA, L.C.; PERSINOTI, G.F.; GONÇALVES, T.A.; SQUINA, F.M.; DE AVILA E SILVA, S.; DILLON, A.J.P.; CAMASSOLA, M. Comparação entre famílias Cazy e genes de endoglicanases das linhagens S1M29 e 2HH de Penicillium echinulatum. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXIII, 2015, Caxias do Sul. XXIII Encontro de Jovens Pesquisadores, 2015.
ABREU, F.P.; LENZ, A.R.; DE AVILA E SILVA, S.; DILLON, A.J.P.; NOTARI, D.L. Análise de elementos promotores-núcleo na expressão do gene da celobihidrolase (CBH1) de Penicillium echinulatum (S1M29). In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXV, 2017, Caxias do Sul. Anais do XXV Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2017.
ABREU, F. P.; DE AVILA E SILVA, S. Caracterização de fatores de transcrição que regulam a expressão de enzimas lignocelulolíticas em Penicillium echinulatum. In: Salão de Iniciação Científica da UFRGS, XXX, 2018, Porto Alegre. Anais do XXX Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2018.
OLIVEIRA, N.S.; ABREU, F.P.; LENZ, A.R.; CAMASSOLA, M.; DILLON, A.J.P.; DE AVILA E SILVA, S. Anotação e curadoria das glicosil Hidrolases Família 5 de Penicillium echinulatum: linhagens 2HH e S1M29. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXVI, 2018, Caxias do Sul. Anais do XXVI Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2018.
LENZ, A.R.; DILLON, A.J.P.; CAMASSOLA, M.; DE AVILA E SILVA, S.; ABREU, F.P.; OLIVEIRA, N.S.; BALBINOT, E. Concepção de linhagens de Penicillium echinulatum hiperprodutoras de coquetéis enzimáticos. In: INOVABIOTEC: Congresso de Inovação e Biotecnologia, I, 2019, Lajeado. Anais do I Congresso de Inovação e Biotecnologia - INOVABIOTEC, 2019a.
LENZ, A.R.; BALBINOT, E.; OLIVEIRA, N.S.; ABREU, F.P.; DE AVILA E SILVA, S.; CAMASSOLA, M.; DILLON, A.J.P. Penicillium echinulatum: 40 anos do produtor de enzimas lignocelulolíticas. In: Congresso Brasileiro de Micologia, IX, 2019, Manaus. Anais do IX Congresso Brasileiro de Micologia, 2019b.
LENZ, A.R.; BALBINOT, E.; OLIVEIRA, N.S.; ABREU, F.P.; DE AVILA E SILVA, S.; CAMASSOLA, M.; DILLON, A.J.P. Identificação de alvos potenciais para melhoramento de linhagens de Penicillium echinulatum e o aprimoramento da produção de enzimas celulolíticas. In: Congresso Brasileiro de Micologia, IX 2019, Manaus. Anais IX Congresso Brasileiro de Micologia, 2019c.
ABREU, F.P.; LENZ, A.R.; OLIVEIRA, N.S.; BALBINOT, E.; DE AVILA E SILVA, S.; CAMASSOLA, M.; DILLON, A.J.P. Micotoxinas e linhagens biotecnológicas: mapeamento de genes em Penicillium echinulatum em vista de uma linhagem livre de micotoxinas. In: Congresso Brasileiro de Micologia, IX, 2019, Manaus. Anais do X Congresso Brasileiro de Micologia, 2019b.
ABREU, F.P.; LENZ, A.R.; OLIVEIRA, N.S.; BALBINOT, E.; CAMASSOLA, M.; DILLON, A.J.P.; DE AVILA E SILVA, S. Análise de elementos reguladores de celulases de Penicillium echinulatum: mapeamento in silico de sítios de ligação de fatores de transcrição e promotores-núcleo. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXVII, 2019, Caxias do Sul. Anais do XXVII Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2019c.
OLIVEIRA, N.S.; LENZ, A.R.; BALBINOT, E.; ABREU, F.P.; DE AVILA E SILVA, S.; CAMASSOLA, M.; DILLON, A.J.P. Penicillium echinulatum e Anobium puctatum: relação simbiótica e especialização em produção de celulases.. In: Congresso Brasileiro de Micologia, IX, 2019, Manaus. Anais do IX Congresso Brasileiro de Micologia, 2019.
MODENA, N.A. Análise in silico de sequenciamento genômico de Penicillium echinulatum. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Caxias do Sul, 2019.
PEITER, I.W.; DE AVILA E SILVA, S.; DA SILVA, T. B. Laboratório de Química: Um Estudo Sobre o Gerenciamento de Produtos Químicos. In: Encontro de Jovens Pesquisadores, XXVII, 2019, Caxias do Sul. Anais do XXVII Encontro de Jovens Pesquisadores da Universidade de Caxias do Sul, 2019.
ROSSETTO, M.V. Análise de expressão diferencial de genes: uma solução computacional para identificação de biomarcadores em tumores humanos. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Caxias do Sul, 2019.
Downloads
Publicado
Como Citar
Edição
Seção
Licença
Copyright (c) 2021 Revista Interdisciplinar de Ciência Aplicada
Este trabalho está licenciado sob uma licença Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
Autores mantém os direitos autorais e concedem à revista o direito de primeira publicação, com o trabalho simultaneamente licenciado sob a licença Creative Commons Atribuição 4.0 Internacional (CC BY 4.0), que permite o compartilhamento do trabalho com reconhecimento da autoria do trabalho e publicação inicial nesta revista.